南京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究所、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构，其中文物保护研究所被称为“医院”，是中国纸质文物保护国家文物局重点科研基地。
金兽
高10.2厘米，身长16厘米，身宽17.8厘米，重达克，含金量达99%
西汉金兽，是汉代金器制作工艺代表作品，于年出土于江苏省盱眙县南窑庄窖藏，现藏于南京博物院。西汉金兽呈豹形，蜷伏状，豹头枕伏于前腿之上颈部戴三轮项圈，头顶有一环纽，通体锤饰圆形斑纹，根据外形特征，推测金兽的铸造时代大约在战国晚期至西汉早期.
西汉金兽是南京博物院的国宝级文物之一，西汉金兽是青铜铸造工艺与金器捶击工艺相结合的产物，它将两种技法结合在一起。其全身布满的斑纹大小一致，呈不规则的圆形，是整体铸成之后，特意用工具捶击上去的也是中国考古发现的金器中最重要的一件，是古代金属铸造工艺和金器捶击工艺这两种技法完美结合的产物。
明洪武釉里红三友带盖瓷梅瓶
口径6.4厘米，足径13.5厘米，瓶高35.8厘米，腹深35.3厘米，通高41.6厘米
明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶是明代陶瓷器，年3月出土于南京市江宁区东善桥响龙山明代墓葬。瓶浅足沙底，盖成铎形，釉质细腻，釉里红发色欠佳，窑变黑色，瓶身装饰有七组图案组成，颈上蕉叶纹，肩部纹饰三道（如意云、卷草、缠枝菊花）正中以岁寒三友图为主题，夹饰芭蕉、山石，花卉。其下绘波涛海水纹，胫部仰莲一周。
明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶是在白色瓷胎上以含铜的颜料进行绘画，然后罩透明釉一次烧成，但高温铜红釉对窑室气温要求比较严格，鲜红色最为难得。明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶造型优美，色彩凝重华丽、纯正鲜艳，器型完整无缺，主题纹饰与辅助纹饰和谐得体，美中不足的是其釉里红的釉色欠佳，但瑕不掩瑜。
金蝉玉叶饰件
长5.3厘米重4.65克
年出土于苏州五峰山博士坞明代弘治年间进士张安晚家族墓地14号墓。一只形神毕肖、金光闪耀的蝉，栖憩在玉叶上。它侧身翘足，双翼略张，嘴巴微开，好似在奏鸣，透明的玉叶托着它。金蝉玉叶的制作技术十分复杂。金蝉采用了压模铸范、薄叶延展、錾刻、焊接等工艺。玉叶汲取传统的阳线、阴线、平凸等多种琢玉工艺，抛光细腻，薄胎圆润，琢工精致，达到炉火纯青的艺术境界。整个画面构思奇巧，动静结合，妙趣横生，具有极高的鉴赏价值
蝉又称“知了”，“知”谐音“枝”，“金蝉玉叶”也就为“金枝玉叶”。中国古代对女子的最高赞美莫过于“金枝玉叶”。而金蝉奏鸣，玉叶振动，正是金声玉振的艺术再现。
错金银铜壶
口径12.8，腹径22.2，底径13.8，高23.6厘米
器分身、座、镂孔装饰三部分。器身:颈、腹焊接连成,侈口、束颈、弧肩、收腹、平底。颈周饰错金银8组几何图案,腹有错金(银)斜方格纹样。器座:圈足状,座面镂孔,面周有四个等距椭圆形突面,大小与壶底残足痕相似。
镂孔装饰:分上下两组,上组罩在肩的上部,下组罩在腹的外部,每组以48条蟠螭互相结成镂孔底纹,上饰梅花朵,上组48竖行,每行3朵,下组48竖行每行约9朵,下部已残,均交叉状排列,组间以横箍连结成罩形,上端的颈底相接,下与座沿相连。横箍外壁饰有错金银流云纹套环,环周有等距铺首4个,面有嵌饰,两侧饰蟠螭,衔环有错金卷云纹。铺首间有错金、银兽形四竖系。壶口内沿刻篆书铭文一行;座沿外侧细刻篆体铭文一周20余字。
明鎏金铜喇嘛塔
塔高35厘米，座高16厘米，底边83.5厘米
鎏金喇嘛塔，塔置须弥宝座上。座正面刻有二力士像，右刻双狮戏球，左刻双鹿斗角，后刻云龙。塔座下枋刻有题记：“金陵牛首山弘觉禅寺永充供养”，背面则是“佛弟子御用监太监李福善奉施”。
喇嘛塔的四周还发现有兽角佛像、瓷罐、玉瓶等。自此，牛首山弘觉寺塔地宫再现天日。鎏金喇嘛塔塔身有四个壶门，内有释迦、阿弥陀佛像，上施有相轮、十三天、宝盖、宝珠等。塔内须弥座上布置有一组佛像，须弥座内藏有珍珠、宝石、水晶、玛瑙、玉石、骨灰等物。整个鎏金塔安放在一个红色砂岩雕成的须弥山形基座上，正面凹下部位放银棺金棺，内有一尊铜铸镀金释迦涅槃像，方形石座的四角各放一个青瓷罐，其中一个青瓷罐内放有一颗老年人牙齿以及骨灰等物。出土文物实际上是由鎏金塔和砂石岩塔基及四个瓷罐合成一个“金刚宝座塔”。塔身是覆钵式的金刚宝座塔中国仅有五台山圆照寺和云南昆明官渡妙湛寺两座，而像南京弘觉寺塔地宫中出土的“迷你”金刚宝座塔仅此一座，弥足珍贵.
广陵王玺金印
通高2.厘米，台高0.厘米，重.87克
广陵王玺”金印，具有极高的历史和艺术价值广陵王玺确为龟钮金印，与徐广所记的东汉印制完全相符。以往篆刻家多认为纯金质地过软，不适于雕刻，“必渗以铜，方能成印”。日本学者也说：“雕刻金印的技术非常困难，在现在，日本连一个人也找不出来。”而“广陵王玺”四字却明显是用刀刻成的。推测是用及其锋利的薄刃钢刀，沿长笔画的边缘，以双刀正入，而后用宽1毫米左右的平头小刀在笔画两端的平，再剔清笔画。这种刀刻金印的技法，为研究我国篆刻史提供了新资料。
青瓷神兽尊
高27.9厘米，口径13.2厘米，高27.9厘米，口径13.2厘米，底径16厘米
造型为盘口，短颈，斜肩，长圆腹，平底稍向内凹，肩与腹之间两侧各有三系。腹壁浮雕神兽一只，头部双眼突出，口内含珠，颈下有胡须，体饰四爪、双翼、脊毛和尾，雕刻生动，制作较精。遍体内外施青釉，棕色胎。器底外部刻有“东州”二字。西晋青釉神兽尊造型奇特，造型为盘口短颈削肩鼓腹平底，像个大鱼篓。器表由肩至腹堆塑面目狰狞的神兽纹饰，兽首昂起，双眼仰视，鼻孔朝天，张口含珠，吐舌露齿，颌下长须垂至腹部；四肢紧贴前胸及下腹，前肢上举，后肢伏地蹲坐，两侧刻划双翼纹，背后有耸起的脊毛五撮.
西晋青釉神兽尊在六朝青瓷中罕见的艺术珍品，系明确纪年墓出土。西晋青釉神兽尊显示了高超的雕塑技艺和丰富的想象力。
银缕玉衣
玉衣全长1.70米，玉片余块，银丝约克
银缕玉衣是古代玉衣的一种，玉衣又叫玉匣，是古代皇帝和贵族死后穿的衣服，分金缕、银缕、铜缕、丝缕几种。银缕玉衣全长厘米，从外观形状和人体几乎一模一样。玉衣分头罩、脸盖、前胸、后背、左右袖筒、左右手套、左右拇指、左右裤筒、左右鞋子共十四个部件。它的每一个部件都是彼此分离的个体，每个部件的周缘都有丝织物缀边，以使每个部件加固定型，便于组合，同时也增加了玉衣的美观。整件玉衣共用玉余片，编缀玉衣的银丝重约克。
玉衣的制作是一个十分繁难的过程。工匠们首先对大量玉石进行选料，把玉料加工成玉片，玉片需按照人体不同的部位设计成不同的大小和形状。然后对玉片一一磨制、抛光，再在玉片的每一角上穿上小孔，有的小孔孔径仅仅一毫米。编缀玉片的金丝、银线是用极细的金银丝拧成的，既柔软又有一定的强度。最后用银线穿缀玉片，按人体的形状制成玉衣。制作一套银缕玉衣所花费的人力和物力，是十分惊人的。